Am 23. September 1853 heiratete sie William Backhouse Astor Jr. (1829–1892) in der Trinity Church . Ihr Ehemann war der mittlere Sohn des Immobilienkaufmanns William Backhouse Astor Sr. und Margaret Alida Rebecca Armstrong. Sein Großvater väterlicherseits war John Jacob Astor und seine Großeltern mütterlicherseits waren Senator John Armstrong Jr. und Alida (geb. Livingston) Armstrong, Tochter von Robert Livingston der Familie Livingston .

Die Familie ihres Mannes, die Astors , hatte zunächst durch den Pelzhandel und später durch Investitionen in Immobilien in New York City ein Vermögen gemacht. Trotz des Reichtums der Familie Astor hatte Lina als Mitglied einer alten Knickerbocker-Familie den überlegenen Stammbaum.

Zusammen hatten sie fünf Kinder:

  • Emily Astor (1854–1881), die den Sportler/Politiker James John Van Alen (1848–1923) heiratete und drei Kinder hatte
  • Helen Schermerhorn Astor (1855–1893), die James Roosevelt „Rosey“ Roosevelt (1854–1927), einen Diplomaten und den älteren Halbbruder des späteren Präsidenten Franklin Delano Roosevelt, heiratete und zwei Kinder hatte
  • Charlotte Augusta Astor (1858–1920), die James Coleman Drayton heiratete und vier Kinder hatte. Sie heiratete später George Ogilvy Haig
  • Caroline Schermerhorn "Carrie" Astor (1861–1948), die 1884 Marshall Orme Wilson , den Bruder des Bankiers Richard Thornton Wilson, Jr., und der Prominenten Grace Graham Wilson heiratete und zwei Söhne hatte
  • John Jacob "Jack" Astor IV (1864-1912), der Ava Lowle Willing (1868-1958), eine Prominente heiratete, und hatte zwei Kinder, später heiratete die Prominente Madeleine Talmage Force (1893-1940), Schwester einer Immobiliengeschäftsfrau/ Prominente Katherine Emmons Force und hatte einen Sohn