Nach der Gründung des Direktoriums im Jahr 1795 wurde Grégoire in den Rat der Fünfhundert gewählt . Er und seine Ratskollegen lehnten den Staatsstreich von 18 Brumaire, in dem Napoleon die Macht übernahm, und die Hundert Tage ab . Der Rat gab am Tag nach dem Putsch eine Proklamation heraus, und so wurde er The Council of Five Hundred Concurs genannt. Der Rat warnte in dieser Proklamation, dass dieser Putsch Frankreich veranlassen würde, in die Zeit vor der Revolution zurückzukehren.

Nachdem Napoleon Bonaparte 1799 die Macht übernommen hatte , wurde Grégoire Mitglied des Corps Législatif , dann des Senats (1801). Er übernahm die Führung in den nationalen Kirchenräten von 1797 und 1801; aber er war energisch gegen die Versöhnungspolitik Napoleon Bonapartes mit dem Heiligen Stuhl und legte nach der Unterzeichnung des Konkordats am 8. Oktober 1801 sein Bistum nieder des französischen Reiches , und er widersetzte sich der Schaffung eines neuen französischen Adels und der Scheidung Napoleons von Joséphine de Beauharnais . Trotzdem wurde er alsGraf und Offizier der Ehrenlegion .

In den späteren Regierungsjahren Napoleons reiste er nach England und Deutschland , kehrte aber 1814 nach Frankreich zurück. 1814 veröffentlichte er De la Constitution française de l'an 1814 , in dem er die Charta aus liberaler Sicht kommentierte , und diese erreichte 1819 ihre vierte Auflage, in diesem Jahr wurde er vom Departement in die Untere Kammer gewählt von Isère . Dies wurde von den Mächten der Quintuple Alliance als potenziell schädliche Episode angesehen , und es wurde die Frage einer erneuten bewaffneten Intervention in Frankreich gemäß den Bedingungen des Geheimvertrags von Aachen gestellt . Um dies zu verhindern,Louis XVIII entschied sich für eine Änderung des Franchise; das Ministerium des Marquis Dessolles trat zurück; und der erste Akt des Grafen Decazes , des neuen Premierministers, war die Annullierung der Wahl von Grégoire.

Nach der Restauration der Bourbonen blieb Grégoire einflussreich, obwohl er als Revolutionär und schismatischer Bischof auch Gegenstand des Hasses von Royalisten war. Er wurde aus dem Institut de France ausgeschlossen . Von dieser Zeit an lebte der ehemalige Bischof im Ruhestand, beschäftigte sich literarisch und korrespondierte mit anderen intellektuellen Persönlichkeiten Europas. Er war gezwungen, seine Bibliothek zu verkaufen, um Mittel zu erhalten.