Er blieb bis 1809 ohne Anstellung, aber dann machte ihn Napoleon zum Militärberater von Prinz Eugène de Beauharnais , Vizekönig des Königreichs Italien und Korpskommandant. Er führte die Armee von Italien aus, um sich mit Napoleon zu verbinden, und führte bei Wagram den Angriff an, der das österreichische Zentrum brach und den Sieg errang.

Napoleon machte ihn zum Marschall von Frankreich auf dem Schlachtfeld und kurz darauf zum Herzog von Tarent im Königreich Neapel .

1810 diente MacDonald in Spanien und 1812 kommandierte er den linken Flügel der Grande Armée für die Invasion Russlands. Er wurde in den Norden geschickt, aber es gelang ihm nicht, Riga zu besetzen . 1813 erhielt er nach der Teilnahme an den Schlachten bei Lützen und Bautzen den Befehl, in Schlesien einzumarschieren , wo Blücher ihn bei Katzbach mit großem Verlust besiegte . In der Völkerschlacht 1813 wurde seine Streitmacht bei Liebertwolkwitz von Johann von Klenau . verdrängt 's IV. Korps (Österreich); Bei einem Gegenangriff nahmen seine Truppen das Dorf zurück. Später an diesem Tag vereitelte Klenau seinen Versuch, das österreichische Hauptheer unter dem Kommando von Karl Philipp, Fürst von Schwarzenberg, zu flankieren . Nach der Völkerschlacht bei Leipzig erhielt er den Befehl, mit Fürst Poniatowski die Räumung Leipzigs zu decken . Nach der Sprengung der letzten Brücke über den Fluss gelang es ihm, die Elster zu schwimmen , aber Poniatowski ertrank. Während der Verteidigungskampagne von 1814 zeichnete sich MacDonald erneut aus. Er war einer der Marschälle, die Napoleon entsandt hatte, um seine Abdankung nach Paris zu verkünden. Als alle Napoleon verließen, blieb MacDonald treu. Er wurde von Napoleon angewiesen, dem neuen Regime beizutreten, und wurde mit dem Säbel von Murad Bey für seine Treue überreicht .