Lannes diente unter General Barthélemy Louis Joseph Schérer und nahm an der Schlacht von Loano teil . Im Jahr 1795 wurde er jedoch aufgrund der von den Thermidorianern eingeführten Reformen der Armee aus seinem Rang entlassen. Er meldete sich wieder als einfacher Freiwilliger in der französischen Armée d'Italie. Er diente im Italienfeldzug von 1796 und stieg erneut in hohe Ränge auf, wobei er das Kommando über eine Brigade in der Division von General Pierre Augereau und später über 3 Bataillone der ständigen Vorhut zu verschiedenen Zeiten erhielt. Lannes wurde in jeder Schlacht ausgezeichnet und spielte eine wichtige Rolle beim Sieg bei Dego . In der Schlacht von Bassano, eroberte er mit seinen eigenen Händen zwei feindliche Flaggen und wurde in der Schlacht von Arcole mehrfach verwundet , führte seine Kolonne jedoch weiterhin persönlich an. Lannes führte Truppen unter Claude Victor-Perrin bei der Invasion des Kirchenstaates . Als er und ein kleiner Aufklärungstrupp 300 päpstliche Kavalleristen trafen, wehrte er die Gefahr ab, indem er den Männern scharfsinnig befahl, zum Stützpunkt zurückzukehren und sie davon zu überzeugen, nicht anzugreifen. Er wurde von Bonaparte ausgewählt, um ihn als Kommandeur einer Brigade von General Jean-Baptiste Kléber nach Ägypten zu begleiten , in der er sich besonders während des Rückzugs aus Syrien hervorragend auszeichnete . Lannes wurde in der Schlacht von Abukir . verwundet, bevor er mit Bonaparte nach Frankreich zurückkehrte und ihm beim Putsch von 18 Brumaire assistierte . Nach Bonapartes Übernahme und Ernennung zum Konsul von Frankreich wurde Lannes in den Rang eines Divisionsgenerals und Kommandanten der konsularischen Garde befördert. Zurück mit der Armée d'Italie , Lannes befehligte den Vorhut in der Kreuzung der Alpen im Jahr 1800, war maßgeblich an die gewinnenden Schlacht von Montebello , von dem er später seinen Titel nahm, und spielte in der einen großen Teil Schlacht von Marengo .