Am 22. Mai 1809, während einer Flaute am zweiten Tag der Schlacht von Aspern-Essling , ging Lannes und setzte sich an den Rand eines Grabens, die Hand über den Augen und die Beine übereinandergeschlagen. Als er dort saß, in düstere Meditation versunken , als er gesehen hatte, wie sein Freund, General Pierre Charles Pouzet , mitten im Gespräch von einer Kanonenkugel enthauptet wurde, prallte eine zweite Kanonenkugel ab, die aus einer Kanone auf Enzersdorf abgefeuert wurde und traf ihn genau dort, wo seine Beine übereinander schlugen. Die Kniescheibe des einen war zertrümmert und die hinteren Sehnen des anderen zerrissen. Der Marschall sagte: "Ich bin verwundet; es ist nicht viel; gib mir deine Hand, um mir aufzuhelfen." Er versuchte aufzustehen, aber es gelang ihm nicht. Er wurde zum Tête de Pont . getragen, wo die Chefchirurgen seine Wunde verbanden. Ein Bein von Lannes wurde innerhalb von zwei Minuten von Dominique Jean Larrey amputiert . Er ertrug die Operation mit großem Mut; Kaum war es vorbei, kam Napoleon heran, kniete neben der Bahre und umarmte den Marschall weinend. Am 23. Mai wurde er per Schiff zum schönsten Haus in Kaiserebersdorf transportiert . Acht Tage später erlag Lannes bei Tagesanbruch am 31. Mai seinen Wunden. Er wurde zunächst in Les Invalides in Paris beigesetzt, aber 1810 wurde er nach einer grandiosen Zeremonie exhumiert und im Panthéon national wieder beigesetzt.