General Joachim Murat und Chef de Brigade Jean-Baptiste Bessières planten, Lannes wegen eines Haushaltsdefizits entfernen zu lassen, aber Augereau rettete ihn. Infolgedessen war Lannes nicht völlig in Ungnade gefallen. Stattdessen wurde er 1801 als Botschafter nach Portugal entsandt. Über seine Verdienste in dieser Eigenschaft gehen die Meinungen auseinander; Napoleon hat ihn nie wieder so gebraucht. Lannes kaufte 1804 das Château de Maisons aus dem 17. Jahrhundert in der Nähe von Paris und ließ eines seiner Prunkgemächer für einen Besuch von Napoleon umdekorieren.

Nach der Gründung des Ersten Französischen Reiches wurde er einer der ursprünglichen achtzehn Marschalle des Reiches . 1805 erlangte er die Gunst Napoleons vollständig zurück, die er während des Konsulats verlor. Bei Austerlitz kommandierte er den linken Flügel der Grande Armée . Während des Vierten Koalitionskrieges war Lannes von seiner besten Seite und befehligte sein Korps mit größtem Verdienst beim Marsch durch den Thüringer Wald, der Schlacht bei Saalfeld (die heute an der französischen Stabsakademie als Modell studiert wird) und der Schlacht bei Jena . Noch prominenter war seine Führung der Vorhut bei Friedland .

Im Jahr 1807 gründete Napoleon das Herzogtum Siewierz ( Sievers ) neu und verlieh es Lannes, nachdem Preußen gezwungen war, alle seine Erwerbungen aus der 2. und 3. Teilung Polens abzutreten .

Danach sollte Lannes als Oberbefehlshaber auf die Probe gestellt werden, denn Napoleon schickte ihn 1808 nach Spanien und übergab ihm einen abgetrennten Flügel der Armee zum Befehl, mit dem er einen vernichtenden Sieg über General Francisco Castaños bei Tudela on . errang 22.11. Im Januar 1809 wurde er geschickt, um Saragossa zu erobern , und am 21. Februar, nach einer der hartnäckigsten Verteidigungen der Geschichte, war Lannes im Besitz des Ortes. Nach seinem letzten Feldzug in Spanien sagte er später: "Dieser verdammte Bonaparte wird uns alle umbringen" . 1808 ernannte ihn Napoleon zum Herzog von Montebello, und übertrug ihm 1809 zum letzten Mal das Kommando über die Vorhut. Er nahm an den Gefechten um Eckmühl und dem Vormarsch auf Wien teil. Mit seinem Korps führte er die französische Armee über die Donau und trug mit Marschall André Masséna die Hauptlast in der Schlacht bei Aspern-Essling .