Saint-Cyr war ein Stoiker in einer Zeit des Pragmatismus und Ruhmes. Seine Weigerung, die Gratulationserklärung zur Erklärung der Geburt des Reiches zu unterzeichnen, führte dazu, dass sein Name nicht in die erste Liste der napoleonischen Marschälle aufgenommen wurde, während Kommandeure wie Lannes, Bessières und Soult, die keine unabhängige Befehlserfahrung hatten, aufgenommen wurden. Sein ganzes Leben lang glaubte Saint-Cyr, Napoleon habe ihm absichtlich Truppen verweigert, nur um ihn zu blamieren. 1803 wurde er zum Kommandeur eines Armeekorps in Italien ernannt, 1805 diente er mit Auszeichnung unter Masséna und 1806 war er am Feldzug in Süditalien beteiligt. Als er nach Paris zurückkehrte, um gegen seine Behandlung in Neapel zu protestieren, schickte Napoleon ihn unter Androhung des Todes auf seinen Posten zurück. Er nahm an den Feldzügen von 1807 in Preußen teilund Polen , und im Jahre 1808, in welchem ​​Jahr er zum Grafen ernannt wurde , befehligte er ein Armeekorps in Katalonien ; Da er jedoch bestimmten Befehlen, die er aus Paris erhielt, nicht nachkommen wollte, legte er sein Kommando nieder und blieb bis 1811 in Ungnade.

Er war immer noch ein Général de Division , da er von der ersten Liste der Marschälle ausgeschlossen wurde. Zu Beginn des Russlandfeldzuges erhielt Saint-Cyr das Kommando über das VI. Korps und gewann am 18. August 1812 bei Polozk einen Sieg über die Russen , für den er zum Marschall ernannt wurde. Die Russen unter Barclay de Tolly brannten alles nieder, als sie sich nach Moskau zurückzogen, und hatten gerade in der Nähe von Smolensk gebrannt. Kurz vor dem Sieg bei Polozk an den Ufern der Daugava wurde Oudinot jedoch verwundet, und so übernahm Saint-Cyr sein Kommando.

Im Oktober 1812 wurde Saint-Cyr aus Polozk vertrieben . In einer der Schlachten während des allgemeinen Rückzugs wurde er schwer verwundet. Saint-Cyr zeichnete sich in der Schlacht bei Dresden (26.–27. August 1813) und bei der Verteidigung dieses Ortes gegen die Alliierten nach der Schlacht bei Leipzig aus und kapitulierte erst am 11. November, als Napoleon sich an den Rhein zurückzog. In diesem Jahr erwärmte sich die Beziehung zwischen Saint Cyr und dem Kaiser, als Napoleon bemerkte, dass Saint Cyr im gesamten Marschallat unübertroffen sei und in der Verteidigung Napoleon selbst ebenbürtig sei. An dem Tag, an dem er seinen längst überfälligen Staffelstab erhielt, schrieb er seiner Frau einen ausführlichen Brief und widmete seiner Beförderung getreu seinem Charakter nur eine Zeile.