Neben dem Nobelpreis erhielt Cori 1946 den Albert-Lasker-Preis für medizinische Grundlagenforschung und 1959 das Österreichische Ehrenzeichen für Wissenschaft und Kunst . Cori wurde 1950 zum Foreign Member der Royal Society (ForMemRS) gewählt und die Carl Cori Stiftungsprofessur an der Washington University ist ihm zu Ehren benannt, die derzeit von Colin Nichols inne ist .